Wir bieten bioinformatische Analysen sowohl als eigenständige Dienstleistung an als auch zur Unterstützung von Lead-Identifizierungsprojekten und anderen biologischen Untersuchungen. 

Lead-Identifizierung 

Für eine in-silico-Sequenzvorauswahl wird eine vorgelagerte bioinformatische Bewertung durchgeführt, die folgendes umfasst: 

• Proprietärer Algorithmus zur Auswahl spezifischer Oligonukleotide (Vermeidung von Off-Targets) insbesondere für siRNAs und ASOs
• Berücksichtigung der Artenkreuzreaktivität 
• Oligonukleotid-Design (Struktur und Chemie) 
• Für siRNAs, Gapmer ASOs (etablierte Pipelines) 
• Kundenspezifisches Oligonukleotiddesign (DNAzyme, miRNA-ähnliche Oligos) 
• Allel (SNPs)- und Fusionsgenspezifisches Targeting
• Design von Reporterplasmiden 
• Design zufälliger Kontroll-Oligonukleotide 

Lead-Optimierung 

• Beratung zur Verbesserung von Aktivität, Stabilität und Spezifität, Oligonukleotidstruktur- und Sequenz sowie chemische Modifikation

Off-Target-Analyse 

• Detaillierte Auflistung und Charakterisierung der vorhergesagten Off-Targets 
• RNA-Seq-Analyse
• Vorschlagen von Zelllinien für die Off-Target-Analyse
• Design für:
  • Reporterplasmide für die Off-Target-Analyse  
  • Reporter für siRNA-Sense- und -Antisense-Strangaktivität 
  • Reporter für Seed-vermittelte miRNA-ähnliche Aktivität  

Unterstützung der Biologie-Abteilung 

• Primerdesign für SANGER-Sequenzierung und 5’-RACE
• Verarbeitung von 5‘-RACE-Daten 
• Automatisierte Datenverarbeitung (z. B. Meso Scale Discovery)
• Verarbeitung und Analyse von Sequenzierungsergebnissen